Urodziła się w Strzyżowie. Studiowała na Wydziale malarstwa Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie w pracowniach profesorów: Zygmunta Radnickiego, Zbigniewa Pronaszki i Jerzego Fedkowicza. Dyplom otrzymała w 1953 roku. Brała udział w ponad 150. wystawach ogólnopolskich i środowiskowych malarstwa, rysunku i grafiki w Polsce i za granicą.
Zorganizowano jej 35 wystaw indywidualnych malarstwa i rysunku. Laureatka wielu nagród i wyróżnień oraz stypendystka rządu francuskiego w 1963 roku i Ministerstwa Kultury i Sztuki 1967/77.
Była pedagogiem – docentem Zakładu Rysunku i Rzeźby Wydziału Architektury Politechniki Krakowskiej 1961 – 82.
Zmarła w 1994 roku w Krakowie.
Prace Marii Markowskiej znajdują się w zbiorach Muzeum Narodowego w Warszawie i Krakowie, Muzeum Okręgowego w Bielsku-Białej, Bytomiu, Rzeszowie, Tarnowie, Muzeum Pomorza Zachodniego w Szczecinie, Muzeum Mazurskiego w Olsztynie, Zbiorach Sztuki na Wawelu, Bibliotece Narodowej w Warszawie, Towarzystwie Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie, Muzeum w Prilepie – Jugosławia, Muzeum Narodowego w Sofii, Ministerstwie Kultury i Sztuki w Warszawie, Wydziale Kultury w Krakowie i Lublinie oraz w wielu kolekcjach prywatnych w kraju i za granicą.
Zrealizowane projekty gobelinów w zbiorach Zamku w Wiśniczu, Ambasady Polskiej w Chicago, Towarzystwa Polonii w Krakowie, Biura Handlu Zagranicznego w Krakowie, Państwowej Filharmonii im. Karola Szymanowskiego w Krakowie, DW FWP „Budrysówka” w Zakopanem i wiele innych.